الكنيسة اليابانية الأرثوذكسية (باللغة اليابانية: 日本ハリストス正教会)، هى كنيسة ارتودوكسيه شرقيه شبه مستقلة تتبع بطريركية موسكو، اتأسست الكنيسة دى بجهود المبشر نيكولاى كاساتكين (1836 – 1912) واللي كلن اول رئيس أساقفة أرثوذكسي على اليابان، وكان وصل لليابان سنة 1861 ككاهن للقنصلية الروسية.
مقر الكنيسة الأرثوذكسية الرئيسية فى طوكيو هى كاتدرائية نيكولاى نسبة لمؤسس الكنيسة نيكولاى كاساتكين، والكاتدرائية من اكبر الأبنية الدينية فى العاصمة اليابانية.
يتبع الكنيسة حوالى 30.000 فرد لهم أسقفيات فى طوكيو، كيوتووسندائى. يرأسها من سنة 1999 المطران دانيال نوشيرو (Daniel Nushiro).
